تعتبر واحدة من اسبق مظاهر التنظيم الإداري في السلطنة ومن اعرق المؤسسات الجمركية في العالم . وتشير كتب التاريخ إلى أن مدن مسقط وصحار وصلالة وصور تعتبر من أهم المراكز التجارية الإقليمية والدولية.

لقد ظل مبنى الجمارك في مسقط الذي شيد عام ( 1624) شاهدا على عراقة تاريخ الجمارك وريادتها باعتبارها من أوائل مظاهر التنظيم الإداري في المنطقة حيث تم استقطاب بعض الخبراء من الخارج للعمل على تطوير الجمارك وتنمية الإيرادات الجمركية باعتباره المصدر الوحيد لخزينة الدولة في حينه. 

وفي العصر الحديث تشهد الإدارة العامة للجمارك نقلة حضارية تجاه التحديث والتطوير ، وازدهارا مضطردا كما وكيفا ، يواكب في مضمونه المنجزات التي تحققت على المستوى المحلي والإقليمي.  

وتشهد الإدارة العامة للجمارك حاليا تنفيذ العديد من برامج التطوير والتحديث، وكذلك إعداد الخطط المستقبلية لبناء القدرات الجمركية في إطار تطبيق مفهوم الحكومة الالكترونية.